法律分析：
商铺有土地使用证的作用是：
(一)可以有效保护不动产产权的完整性。《房地产管理法》第五十九条规定：国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。
(二)可以保证房产转让中涉及的土地使用权的法律效力。《物权法》第九条规定：不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力。
(三)可以有效体现房地产的实际价值。按照《物权法》第一百四十九条规定：住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法实施条例》 第三条国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。
土地登记资料可以公开查询。
《中华人民共和国民法典》 第二百零九条 不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。