医疗事故纠纷是可以申请仲裁的，根据《医疗事故处置条例》第四十六条 发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。县级以上地方人民政府卫生行政部门应当按照规章逐级将当地发生的医疗事故以及依法对发生医疗事故的医疗机构和医务人员作出行政处置的情况，上报国务院卫生行政部门。
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