法律分析：根据刑事诉讼法和民事诉讼法，被害人可以在刑事案件中申请附带民事赔偿，也可单独提起民事诉讼要求赔偿。被害人与被告自行协商赔偿不影响刑事附带民事赔偿的权利，但如被害人在协商赔偿时完全放弃民事诉讼权利，将会影响后续的民事赔偿。
法律依据：
刑事诉讼法
第二百零七条 被害人或者其他合法权益人可以在刑事诉讼中提出附带民事诉讼请求。
第二百二十五条 被害人放弃附带民事诉讼请求的，不影响公诉机关提起民事公益诉讼。
民事诉讼法
第一百五十九条 被害人对被告的损害赔偿请求权消灭的期间为二年。
第一百六十八条 被告在赔偿义务履行完毕前，可以和被害人协商赔偿。
第一百七十四条 被害人和被告自行协商解决纠纷，达成协议的，协议应当采取书面形式。
综上，被害人自行和被告协商赔偿不会影响刑事附带民事赔偿的权利，但需要注意在协商赔偿时不要完全放弃民事诉讼权利，以免影响后续的民事赔偿。
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